Gli Asili Infantili di carità, una tra le più antiche istituzioni ancora attive della città di Bologna, ebbero origine nel 1847 a cura di un comitato di cittadini che si proponeva di erigere una moderna forma di assistenza, col fine - secondo quanto recita il Programma del 1847 - di soccorrere i fanciulli poveri, di curare la sanità e la vigoria del corpo, educarli alla religione e alla morale, formarli alle abitudinicdi ordine e di lavoro.
L'istituto, posto sotto la speciale autorità e protezione del Cardinale Arcivescovo, era diretto da un Consiglio di Amministrazione di 12 membri eletti fra i soci; questi si impegnavano a sostenere le spese con le proprie offerte personali e anche organizzando la raccolta di fondi con iniziative di vario genere. Tra gli Atti dell'Archivio, relativi alle varie annate, troviamo, per esempio, gli elenchi dei soci incaricati di raccogliere le offerte nelle parrocchie cittadine; i resoconti degli incassi di spettacoli teatrali, devoluti parzialmente a beneficio degli Asili. Il Comune, da parte sua, provvide a fornire i locali ed il corredo necessario per la prima "sala d'asilo" che venne aperta il 16 giugno 1847 in via dè Poeti (in seguito si trasferì in via S.Pietro Martire, oggi via Orfeo); finanziamenti consistenti giunsero dalle banche locali e dalle rendite di parecchi lasciti testamentari. I ragazzi di provata povertà erano ammessi all'età di 3 - 4 anni e lasciavano la scuola a 8 - 10 anni. L'orario scolastico andava dalle 8 - 9 del mattino alle 16 -18 del pomeriggio, secondo le stagioni.
Gli alunni erano distribuiti in tre classi maschili e tre femminili: la classe superiore affidata ad una maestra, quella media ad una supplente, la classe inferiore ad una aspirante. Un ecclesiastico insegnava il catechismo e diversi medici - a turno - prestavano gratuitamente la propria opera.
La direzione degli Asili, già nei primi anni dell'Istituto, dimostrava una costante attenzione ai moderni principi pedagogici, in particolare all'Aporti e al Froebel. Ne troviamo un riscontro nell' Orario per le scuole maschili del 1882; altrettanto interessante è la tabella - dello stesso anno - che riporta le Razioni di minestra somministrate agli alunni ogni giorno della settimana. 
I registri dei Verbali del Consiglio dell'Assemblea ci forniscono una puntuale informazione sulla vita dell'Istituzione. Il numero degli alunni crebbe rapidamente: 750 in tre asili nel 1888, 1100 a fine secolo, oltre 1500 in alcune annate all'inizio del'900. In seguito, col diffondersi delle scuole elementari statali, i bambini diminuirono e alcuni asili vennero chiusi. I registri che riportano le iscrizioni annuali a partire dal 1863, ci forniscono, oltre a questi dati, parecchie altre informazioni, riguardanti, per esempio, le età dei bambini, il rapporto tra maschi e femmine, o la professione dei genitori.
La storia dell'Ente si intreccia, inevitabilmente, con la storia di Bologna, sia per l'opera assistenziale svolta sul territorio sia per il fatto che gli amministratori sono stati e sono persone inserite socialmente e tradizionalmente nella comunità bolognese.
Oggi l'Istituzione gestisce direttamente una Scuola dell'Infanzia che ha sede a Bologna in via Orfeo e vede la presenza di n.56 bambini seguiti da n.5 insegnanti e personale non docente e collabora con altre istituzioni pubbliche o private per numerosi progetti educativi.
Nel 1994 ha assunto natura giuridica privata con decreto della Regione Emilia Romagna .
Nel 2000 sono state apportate modifiche all'originario Statuto per consentire un'azione educativa maggiormente mirata ed efficace e per adeguarsi alle reali esigenze della realtà, non solo locale. E proprio in questa ottica, insieme all'Associazione Amici di Bologna - Onlus, ora Amici di Bologna ODV (Ente del Terzo Settore dall’8 settembre 2022), nata per volontà del dott. Vittorio Manaresi, sono stati realizzati in Madagascar nove asili, una scuola di cucito per ragazze di strada, un ospedale nella regione di Tulear, un centro odontoiatrico non lontano dalla capitale, un centro sportivo per ragazzi e ragazze oltre ad un programma pluriennale di adozioni a distanza.
La prima scuola è stata realizzata nel 2003 e le altre a seguire fino al 2015. L'obiettivo è quello di creare un canale preferenziale con lo Stato malgascio, in particolare con alcune realtà locali che operano con successo in Madagascar per offrire a bambini orfani o abbandonati una possibilità di guardare al futuro con serenità ed avere una qualità di vita accettabile, sottratta agli innumerevoli rischi purtroppo ancora presenti nel continente africano.